Les plus anciens témoignages de la présence humaine sur l'île d'Ischia datent du néolithique, il y a environ 5500 ans. Les découvertes les plus importantes, liées à cette époque, ont lieu dans les années 60, dans la commune d'Ischia, dans une zone appelée "Cilento" et dans une zone voisine appelée "San Michele", datant d'il y a 5000 à 3500 ans. Les vestiges provenant de la localité Cilento sont des fragments de céramique, de la poterie simple non décorée et de la poterie peinte en argile fabriquée à la main sans l'aide d'un tour, mais aussi des poids en terre cuite pour les filets de pêche, un signe que celle-ci était l'une des principales activités des hommes de l'âge de la pierre sur l'île.

Mais l'âge du bronze sera le plus brillant pour l'île.

Au VIIIe siècle, des colons grecs fondèrent Pithecusae, en grec Pithekoussai, une citadelle qui avait les caractéristiques d'un comptoir. Pithecusae était située à Lacco Ameno et a été découverte dans la seconde moitié du vingtième siècle par Giorgio Buchner. Les vestiges trouvés sur la colline de Monte Vico et dans la baie de San Montano par le chercheur allemand ont mis en lumière une civilisation d'un niveau avancé qui avait des relations commerciales avec le Proche-Orient, la Grèce, l'Espagne, l'Étrurie méridionale, la Sardaigne. Comme à Pithecusae, des objets provenant d'une zone géographique aussi vaste n'ont jamais été trouvés dans aucun autre site grec. Les fouilles mirent au jour parmi d'autres la Coupe de Nestor, qui faisait partie du trousseau funéraire d'un enfant ; c'est un vestige très important : cette coupe porte une inscription considérée comme le plus ancien document de langue grecque qui nous est parvenu et représente le premier fragment connu de poésie conservé dans sa forme originale, contemporaine de celle du célèbre poème épique attribué à Homère. "Je suis la coupe de Nestor, faite pour bien boire ; celui qui vide cette coupe, aussitôt le désir d'Aphrodite à la belle couronne le saisira."

Les témoignages archéologiques relatifs aux périodes postérieures au VIIIe siècle av. J.-C. sont plutôt rares, Pithecusae était en effet devenue une dépendance de Cuma, et n'avait plus de vie indépendante. Entre 450 et 420 av. J.-C., Cuma tomba entre les mains des populations sabéliennes et Pithecusae, comme nous le dit Strabon, fut occupée par les Napolitains et resta ainsi, pendant trois autres siècles, une ville de civilisation grecque.

L'époque romaine

Comme l'indiquent les nombreuses tombes, le principal centre habité de l'île, qui à l'époque romaine porte le nom d'Aenaria, est resté sur le territoire de Lacco Ameno, même si ce n'est plus sur le Monte di Vico, au moins jusqu'au Ve siècle après J.-C.. Ma Aenaria possède aussi d'autres centres sur l'île : un centre certainement important est situé dans la commune d'Ischia, à Cartaromana. 

Ici, en effet, des fouilles sous-marines ont mis au jour un site archéologique très intéressant dans le plan d'eau, entouré par le Château Aragonais et les Rochers de Sainte-Anne. Ce sont les vestiges d'une fonderie de plomb et d'étain, des traces de structures de maçonnerie en opus réticule, des objets en plomb. 

Ici ont été trouvées des tablettes votives aux Nymphes, qui font comprendre que la source thermale était fréquentée dans l'antiquité et considérée miraculeuse pour ses effets thérapeutiques. Les premières nouvelles sur la découverte d'offrandes votives aux Nymphes Nitrodi peuvent être lues dans l'édition de 1689 du traité "De Rimedi Naturali che sono nell'isola di Pithecusa hoggi detta Ischia" de Giulio Jasolino. On y trouve en effet inséré un ajout du médecin et philosophe Giovanni Pistoja dans lequel, en plus de la description de la Fontaine de Nitrodi et de ses vertus, il est dit que, vers la fin du XVIIe siècle, des paysans ont mis au jour deux marbres anciens : l'un d'eux montrait deux femmes représentées debout sous les arbres tenant un enfant par la main avec une inscription portant le mot: voto. Sur l'autre récupéré seulement en partie était représenté un vase pour puiser de l'eau avec l'inscription LYMPHA NITR. Mais les traces de ces deux marbres ont été très vite perdues.

La série de marbres votifs, découverts en 1757, ont eu cependant plus de chances. Des paysans, creusant des trous pour les vignes, ont trouvé douze reliefs de marbre dédiés aux Nymphes Nitrodi, qui représentaient des femmes guéries et l'arrivée à la source de quelques médecins. Dans l'Antiquité les sources, en particulier les sources chaudes et médicinales, étaient en effet placées sous la protection de divinités féminines, les Nymphes, qui sont des figures probablement dérivées du culte ancestral de la Terre Mère et donc dotées, en tant que divinités souterraines, de pouvoirs oraculaires et médicaux. Héraclès est souvent associé aux Nymphes, ainsi qu'Apollon.

Les reliefs qui datent d'une époque qui va du Ier siècle av. J.-C. au IIIe siècle après J.-C., de petites dimensions, représentent pour la plupart Apollon avec une cithare ayant à ses côtés deux ou trois nymphes, qui portent des coquilles ou des vases desquels elles versent l'eau salutaire. Les scènes figuratives sont accompagnées d'inscriptions dédicatoires, qui rendent grâce de la guérison obtenue au Dieu et aux Nymphes de la source, appelées Nitrodes ou Nitrodiae. Le même nom avec lequel la source est encore appelée aujourd'hui. Il dérive du mot nitro c'est-à-dire avec de la soude, dont on croyait que les eaux de la source étaient riches. Il est fort probable que ces ex-voto en marbre étaient accrochés aux murs d'une grotte, comme en témoignent les saillies présentes à l'arrière de certains d'entre eux. Peut-être une grotte sacrée qui se trouvait à l'endroit où l'on célébrait le culte d'Apollon. 

Où peut-on admirer les vestiges de Pithecusae, Aenaria et Nitrodi ?

Dans le Musée de Pithecusae à Lacco Ameno sont exposés les calques des reliefs votifs de l'époque romaine qui ont été trouvés près de la source de Nitrodi. Tandis que les tablettes votives originales de Nitrodi sont maintenant conservées au Musée Archéologique National de Naples, mais ne sont pas exposées. Deux d'entre elles sont exposées au Musée de l'Ermitage à Saint-Pétersbourg.

L'ancienne Pithecusae peut être visitée au Musée Archéologique de Lacco Ameno, dans la Villa Arbusto.

Aenaria submergée par la mer peut être visitée par contre sur place. À Ischia Ponte, la coopérative Marina di Sant'Anna organise des visites guidées sur des bateaux à fond transparent.