伊斯基亚的历史是非常古老的，这是通过考古发掘慢慢得知的，这些考古发掘始于1700年左右，但仅在20世纪中期开始以严谨的科学方式进行。

伊斯基亚岛上人类的定居最远可以追溯到大约5500年前的新石器时代。与这个时代有关的最大规模的考古发现是在60年代，在伊斯基亚镇的一个叫做“奇伦托（Cilento）”的地区，以及附近的一个名为圣迈克尔（S. Michele）的地区，可追溯到5000至3500多年前。在奇伦托这里的考古发掘中找到了简单无花纹装饰的花瓶陶器碎片、在没有车床的辅助下手工制作并且用粘土绘画的花瓶陶器碎片，而且还有捕鱼网上的用陶土制作的沉子，意味着这是石器时代岛上居民的主要活动之一。

不过接下来的铜器时代是岛上更辉煌的时期。

在公元8世纪，由希腊殖民者建立了皮特库斯（Pithecusae），希腊语为皮特库萨伊（Pithekoussai），一座具有商场规模的堡垒。皮特库斯位于现金的拉科·阿梅诺（Lacco Ameno）镇，由乔治·布什纳（Giorgio Buchner）在二十世纪下半叶发现的。由德国学者在维科山（Monte Vico）和圣·蒙塔诺（San Montano）湾的考古发现揭示了与近东、希腊、西班牙、伊特鲁里亚南部和撒丁岛有着紧密的商业联系的一个先进古代文明。在其它的希腊遗址上从没发现过如皮特库斯这样有着來至这么广大的地理区域的物件。不仅在发掘期间发现的内斯特（Nestore）杯，属于一个儿童的墓葬品; 这是一个非常重要的发现：在杯子上的一段铭文被认为是我们目前所发现一个最古老的用希腊语写的文本，它代表着第一部最早的、以原稿的形式被保留下来的、与荷马的著名史诗同时代的、已被我们所熟悉的诗歌片段。 “我是美丽的内斯特杯，无论谁以此杯斟酌，都会立即被阿芙罗狄蒂想拥有美丽王冠的欲望所俘虏。”

公元前八世纪后期的考古证据相当稀少，皮特库斯实际上已经成为了库迈（Cuma）的附属城，不再有独立的政权。大约在公元前450年到公元前420年之间，正如斯特拉波（Strabone）告诉我们的，库迈落入西伯利亚人和皮特库斯人的手里，后来又被那不勒斯人占领，并且在接下来的三百年的时间里一直保持着有着希腊文明的隶属于那不勒斯政权的附属城。

罗马帝国时代

正如众多的坟墓所显示的那样，该岛的主要居住中心，在罗马帝国时代以安纳里亚（Aenaria）的名字命名，尽管已经不在维科山上，但至少直到公元五世纪仍然留在拉科·阿梅诺镇的领土之内。 但是安纳里亚在岛上也有其它的城镇中心：肯定的是，其中一个重要的中心位于伊斯基亚市的卡塔罗马纳（Cartaromana）地区。

事实上，在这里，水下发掘的考古工作中发现了一个非常令人激动兴奋的水下考古遗址，由现在的阿拉贡城堡和圣安娜（S. Anna）礁石所在的地区里。这是那时代生产铅和锡的铸造厂所留下的遗址，还残留着以网状结构所筑的断臂残骸和一些铅制品。

另一个重要的考古遗址位于巴拉诺镇的Nitrodi仙女泉这里。

在这里发现了人们供奉给仙女还愿石板，这让我们明白，在古代民众经常光顾这里的温泉，因为他们认为它有着奇迹般的治疗效果。关于这些供奉Nitrodi仙女的石板的发现的最初消息可以在朱利奥·亚索利诺(Giulio Jasolino)所著的书名为“在今天被称为伊斯基亚岛的皮特库斯岛上一些自然治疗方法-那不勒斯”1689年的版本中所得知的。在这本著作里，我们找到了哲学家乔瓦尼·皮斯托亚（Giovanni Pistoja）博士的注解，其中除了对Nitroli仙女泉及其功效的描述外，还叙述了大约在十七世纪末，一些农民发现了了两块古老的大理石：一块上雕刻着站在树下的两个用手捧着一个孩子的女人，上面题着两个字：供奉。关于另一块我们只找到了一部分，这上面有一个打水的水瓶并且题着LYMPHA NITR这些字。不过很快就没了这两块大理石的踪影。 幸运的是，1757年发现了一系列的用来供奉的大理石。在一些农民挖地来种植葡萄树的时候，发现了十二块供奉Nitrodi仙女的大理石浮雕，在这上面描绘了痊愈的妇女和一些来此处温泉的医生。实际上，在古代，一般泉水，特别是温泉和药用温泉，是被置于在女神的保护之下，这些仙女可能是由对地球母亲的先祖崇拜所演变过来的，如同大地女神一般，因其拥有谕神和救治的能力。神迹经常被人们与仙女，如同阿波罗一样，联系到一起。

这些浮雕的历史可以一直往前追溯到公元前一世纪和公元三世纪期间，这些浮雕的尺寸很小，它们大多数都代表了阿波罗神，并在它的身边围绕着两三个仙女，她们手里捧着贝壳或装着可以倒出有健康能力的水的花瓶。这些场景都伴着还愿性质的铭文，通过这些铭文来感谢上帝和被称为Nitrodes或Nitrodiae的水神，因为从它们那里所得到护理治愈。以上名称与今天仍被用来称呼水泉的名称相同。它来源于硝基这个词，就是所谓的带苏打水这一成分，因为人们认为在这泉水中这一成分非常丰富。最有可能的是，这些还愿大理石的浮雕被挂在洞穴的墙壁上，正如其中一些浮雕反面的凹陷所证实的一样。也许是正好在此处的一个神圣洞穴，在这里人们举行祭祀阿波罗神的庆典。

在哪里可以观赏皮特库斯（Pithecusae），安纳里亚(Aenaria)和Nitrodi的考古发现？

在拉科·阿梅诺(Lacco Ameno)市的皮特库斯(Pithecusae)博物馆内，展示了Nitrodi仙女泉这里发现的罗马帝国时代的还愿浮雕。然而真的Nitrodi的还愿石板现在被保存在那不勒斯国家考古博物馆里，但未被展出。其中两件在圣彼得堡的冬宫博物馆里展出。

在阿尔布斯多（Arbusto）别墅，拉科·阿梅诺市的考古博物馆这里可以参观古代的皮特库斯。 安纳里亚（Aenaria）被海水淹没在海边，得去现场参观。在伊斯基亚大桥这里的圣·安娜海务合作社的组织下游客可以上带有透明玻璃的船上参观。